Odsłonięcie otworu wejściowego
Otwór wejściowy jaskini został odsłonięty w trakcie eksploatacji marmuru w wyrobisku Kletno III, 14 Października 1966 r. Był to otwór w kształcie poziomej szczeliny ok. 2 m powyżej poziomu eksploatacji. Prowadził do niewielkiej komory nazwanej później Salą Niedźwiedzia. Pomiędzy blokami urobku zauważono dużą ilość kości dużych ssaków. Najwięcej kości należało do niedźwiedzi jaskiniowych. Dzięki nim, jaskinia zawdzięcza swoją nazwę.
Wstrzymanie eksploatacji kamieniołomu
Ze względu na naukową i przyrodniczą wagę tego odkrycia, w grudniu 1966 roku wstrzymano eksplatację kamieniołomu. Była to na ówczesne czasy bezprecedensowa decyzja, gdyż dokumentacja geologiczna złoża marmuru w kamieniołomie Kletno III stwarzała poważne podstawy rozwoju wydobycia surowca rzędu 200 tys. t/rok. A pamiętajmy, że w tych czasach po marmur ze Stronia Śl., samochody ciężarowe z całej Polski czekały w kolejkach po kilka dni.
Badania
Odkryciem jaskini zainteresowali się żywo naukowcy z Uniwersytetu Wrocławskiego oraz wrocławskiej Akademii Rolniczej. Równolegle z badaniami postępowała eksploracja jaskini prowadzona przez Sekcję Grotołazów Akademickiego Klubu Turystycznego we Wrocławiu oraz Sekcję Grotołazów ze Stronia Śląskiego.
Do końca 1966 r. odkryto korytarze środkowego piętra jaskini po Salę Lwa oraz dolne partie, co sprawiło, że długość jaskini osiągnęła już 200 m. W kolejnych latach prowadzono tam intensywne badania naukowe.
3 grudnia 1967 r. po zakończeniu wykopu w stropie Sali Lwa, zespół w składzie: A. Piesiewicz, M. Pulina, T. Wiszniowska, G. Ziembicki dokonał odkrycia Sal Pałacowych oraz Korytarza Człowieka Pierwotnego z przyległymi korytarzami. Jaskinia liczyła teraz już 350 m.
Dalsza eksploracja
W latach 1968-69 prowadzono dalsze eksploracje, w trakcie których odkryto tzw. Stare Wrocławskie piętro, położone za Salą Blokową oraz silnie strzaskane tektonicznie partie z Korytarzem Wodnym. W grudniu 1971 r. długość jaskini przekraczała 800 m.
W dniach 26-29 stycznia 1972 r. czteroosobowy zespół Strońskiej Sekcji Grotołazów odkrył duży system korytarzy i sal nazwany Nowym Dolnym Piętrem jaskini o łącznej długości ponad 1 km. W skład zespołu wchodzili: J. Bieroński, Z. Dumański, K. Łukaszewicz, J. Panek.
Do tej grupy dołączył z czasem J. Trumpus i J. Sądej, którego dom w Kletnie był przystanią dla grotołazów i ludzi związanych z jaskinią.
Komin Maurycego
Kolejne prace skupiały się na penetracji Komina Maurycego w Sali Szampańskiej i przekopach w Korytarzach Błotnych, położonych tuż za wielką szczeliną w dolnym piętrze jaskini. W ich wyniku długość jaskini przekroczyła 2,5 km.
Lata 70-te
Na początku lat siedemdziesiątych zostaje powołany Naukowy Komitet Opiekuńczy Jaskini Niedźwiedziej przy Państwowej Radzie Ochrony Przyrody w Warszawie. Staje się on inicjatorem prac badawczych w jaskini oraz sprawuje kontrolę nad ochroną tego obiektu.
W 1977 r. dla ochrony Jaskini Niedźwiedziej oraz cennego kompleksu przyrodniczego w bezpośredniej jej bliskości, został utworzony Rezerwat Przyrody "Jaskinia Niedźwiedzia" o powierzchni 89,05 ha. *
*W 2022 roku rezerwat "Jaskinia Niedźwiedzia" został powększony do 233,4 ha.
Otwarcie Jaskini Niedźwiedziej
11 czerwca 1983 r. po ośmioletnich pracach przygotowawczych (prace górnicze i budowlane w jaskini, założenie oświetlenia, budowa pawilonu wejściowego, modernizacja dróg dojazdowych i parkingu) otwarto Jaskinię Niedźwiedzią dla ruchu turystycznego.
